蝲蛄和小龙虾的主要区别在外形、生活习性和食性以及繁殖方式。蝲蛄头部硬壳特别显著，触角短小只有4-5个节，其中2个由基板构成。而小龙虾头部相对柔软触角较长，多达15节且具有较强的触觉功能，还具有两个明显的眼球而蝲蛄则没有。
小龙虾的体型比较大一些，舌板呈半圆形稍稍凹下去，以便更好地从底泥中吸收养分，而蝲蛄的舌板与体壳齐平且没有很明显的下凹。小龙虾的须很长大概与身体长度相当，而蝲蛄的须相对较短且多栖息在河流底泥中，往往深埋在泥沙中只有触角露在外面。而小龙虾则主要栖息在溪流、湖泊等淡水及沿海海域，很少栖息在泥沙中。
蝲蛄的行动方式比较慢，只是在底泥中移动不会主动游动，而小龙虾则具有较强的游泳能力，能够快速游动。两者的繁殖方式也有所不同，蝲蛄的交配方式为雄性跨越雌性，将等位的第一和第二节腹足段旋转90度，然后用爪子连紧雌性的后部。而小龙虾一般采用雌性生殖方式，经过内受精后雌虾体内产下卵，然后孵化出幼崽。蝲蛄的口器由两个尖爪、一对囊状体、两对颚和一对颚足组成，主要用来捕捉小型底栖生物，如桂花虫、蚯蚓等。而小龙虾有两对大颚和一对小颚，能够用来咬碎食物也可用胃转化吸收，两者在食物中的消化方式也不同。
蝲蛄的食物偏好比较单一，主要以小型底栖生物为主，而小龙虾则吃的比较杂能吃小型活体生物、腐肉及底部沉积物中的微生物等。这是两种常见的水生生物，小龙虾的吃法相对较多，而蝲蛄的则要单一得多。
